As agências de fomento à pesquisa desempenham um papel fundamental nos estudos de pós-graduação stricto sensu. O PPGPSI recebe diferentes tipos de bolsas de três agências brasileiras: CAPES (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior), CNPq (Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico) e FAPESB (Fundação de Apoio à Pesquisa no Estado da Bahia).
Atualmente, o Mestrado Acadêmico possui 22 bolsas da CAPES e cota anual variável da FAPESB. O programa de doutorado possui 24 bolsas da CAPES e cota anual variável da FAPESB. O Programa também possui duas bolsistas de pós-doutorado da CAPES e professores permanentes com bolsas de Produtividade em Pesquisa do CNPq. A grande maioria dos professores e colaboradores permanentes supervisiona os alunos de Iniciação Científica, cujas bolsas são financiadas pelo CNPq, FAPESB e pela própria UFBA. No total, cerca de 40 estudantes de Iniciação Científica e Suporte Técnico são supervisionados por professores do PPGPSI.
Além das doações, as três agências também concedem assistência financeira para realizar vários dos projetos de pesquisa coordenados pelos professores do PPGPSI. Atualmente, existem cerca de 20 projetos financiados realizados no Programa. Destaca-se também a importância da CAPES, CNPq e FAPESB no incentivo à qualificação dos professores do Programa por meio de bolsas de pós-doutorado no Brasil e no exterior e na assistência financeira para participação em eventos nacionais e internacionais. Por fim, a CAPES e o CNPq também contribuem significativamente para a qualificação dos estudantes e para a internacionalização do Programa através da concessão de bolsas de doutorado “sanduíche” no exterior.